Con la inoculación se logra la incorporación efectiva de un alto número de bacterias fijadoras de N sobre la superficie de las semillas de soja previo a la siembra de las mismas.
Una vez germinada la semilla inoculada, la rizósfera presenta condiciones favorables para la multiplicación de los rizobios y para que se inicie el proceso de nodulación. Durante todo el proceso intervienen tanto el macrosimbionte (leguminosa) como el microsimbionte (rizobio).

Etapas para una eficiente inoculación
La estructura visible donde ocurrirá el proceso de FBN son los nódulos ubicados en las raíces de las plantas. La formación de un nódulo resulta un proceso altamente complejo envolviendo varias etapas:
• La semilla deberá germinar en condiciones apropiadas de humedad y temperatura (para una rápida y eficiente implantación).
• Se tiene que establecer una “comunicación” química entre bacterias y plantas para lograr un reconocimiento mutuo y dar inicio al proceso o fase de infección.
• Se desencadenarán procesos específicos que permitirán a la bacteria ingresar en la raíz de la planta.
• A partir de la infección se promoverá el crecimiento de las células corticales de la raíz de la planta y su enrulamiento que formarán el nódulo, estructura donde se establecerá el bacteroide.
• En el nódulo se establecerán las condiciones adecuadas para el proceso de FBN (anaerobiosis y disponibilidad de fuentes energéticas y nutritivas aportados y regulados por las plantas).
Para la etapa inicial de identificación planta-bacteria del costo energético de la planta no es tan grande como sí lo es en el momento del mantenimiento activo del proceso de FBN (estados fenológicos R3-R5). Son varios los factores que limitan (o indirectamente regulan) el proceso de FBN.

Factores que inciden en la nodulación
La cantidad de nódulos fijados en una planta de soja van a depender de los factores:
• Ambientales: El nitrógeno del suelo proveniente de la mineralización de la materia orgánica y el nitrógeno aportado por el fertilizante; disponibilidad de otros nutrientes (déficit o excesos), humedad (condiciones de sequía o anegamientos) y temperatura del suelo.
• También a factores externos: Calidad del inoculante, interacción con agroquímicos en el tratamiento de semillas, agroquímicos residuales en el suelo que afecten el normal crecimiento de las raíces, manejo del producto y manipulación de las semillas inoculadas.
La FBN y su expresión a partir de la nodulación en número y efectividad son fisiológicamente regulados por la planta. Si la planta no se encuentra en condiciones favorables para su desarrollo, el proceso que lleva a la FBN se verá afectado.
La presencia y cantidad de nódulos formados en las raíces de las plantas dependerán de su demanda de nitrógeno, de la cantidad de nitrógeno aportado por el suelo, de los distintos factores edafo-climáticos, del manejo productivo que pueda limitar o favorecer dicho proceso, y por sobre todo, del balance energético que le permita a las plantas sostener el sistema nodular activo.
Normalmente en condiciones de adecuadas inoculación (producto en correctas condiciones de calidad, manejo y aplicación según las instrucciones de uso) la identificación planta-bacterias ocurre y se produce la infección.
Varios estudios han tratado de estimar el aporte de Nitrógeno a la planta por fijación biológica. Un estudio reciente realizado para las condiciones de producción de Argentina muestra que la FBN aporta en promedio un 58% de las necesidades de nitrógeno del cultivo de soja. Los mayores aportes de FBN se observan en ambientes donde los rendimientos son más altos.